A origem do Ninjutsu, remonta a antiga china, durante o ano 500 a.C - Sun Tsu, filosofo , general e estrategista militar, teria escrito um livro que englobava estratégias de guerra. A obra intitulada de A arte da Guerra descrevia as táticas que um general deveria adotar para vencer qualquer batalha, e a mesma dava ênfase a utilização de espiões em todos os seus setores de combate. Baseados nas estratégias deste livro, os Ninjas teriam desenvolvido suas técnicas e características de luta, levando uma vida mística, afastados da nascente sociedade feudal japonesa...

A primeira aparição Ninja, vem do final do século VI, quando a imperatriz Suiko e o príncipe Shotoku (Período de 604 a 1.192), utilizaram espiões, denomminados "Shinobi" (Aquele que resiste) contra um usurpador do trono chamado Moriya. Nomes como Mijinki no Mikooto, Otomo no Saijin e Enzo Ozano foram os primeiros que puderam ser chamados de Ninja, os famosos espiões das sombras.

Em seu reinado Shotoku assume a regência e promove diversas mudanças administrativas no Japão. Buscando inovações Shotoku Taishi torna-se adepto do Budismo e com entusiasmo dedica-se a difundir a doutrina de Buda por todo o Japão, possuindo até mestres Budistas trazidos da Coréia para ensinar-lhe os ensinamentos Budicos.

Vários Monges e estudiosos Coreanos fixam residência no Japão. Os templos Budistas proliferam e as famílias aristocráticas disputam entre si a construção dos templos.

O período Nara (710) foi marcado por um governo centralizador e burocrático, beneficiado pelo estado, o budismo prosperou assim como a arquitetura e a escultura Oriental Nipônica. Como religião do estado, o budismo se expande em todas as direções e no mosteiro Todaiji (Nara) e construído um Buda de bronze de 16 metros de altura e 25 toneladas(752) do qual até hoje é considerado uma das mais belas do mundo.

Como cada vez mais o budismo foi fortalecendo-se e interferindo nas questões burocráticas do estado. A fim de romper com o sistema, pondo como solução à mudança da capital; Nara foi trocada por Heian (Kyoto). O período Heian estendeu-se de 784 a 1192.

O misticismo do Ninjutsu acentua-se com o surgimento da doutrina Shingon, do budismo fundado por Kobo Daishi (Kukai) no século Vll. Devido á inúmeras viagens pelo Oriente Kobo Daishi conheceu os ensinamentos dos Yoguis (Índia) e de Ajai - discípulo do lendário Daruma Taishi (Bodhidharma).

Os ensinamentos de Kobo Daishi vieram a formar o Mikkyo, uma tradição oculta inspirada no tantrismo tibetano. Usando os gestos simbólicos das mãos e repetições de sons (Vozes), os Ninjas envocavam poderes espirituais e concentravam suas energias na unificação do corpo e espírito.

Para fugirem das perseguições políticas, alguns seguidores do Budismo Shingon habitaram as montanhosas regiões do Japão denominadas de Iga e Koga- a terra do Ninjutsu, juntamente com os discípulos do general Sun Tsu.

Sendo chamados pelo povo japonês de Yamabushis (Guerreiros das Montanhas) e organizando-se em bandos, esses guerreiros abrigaram outros budistas também perseguidos pelos aristocratas. Dividindo-se em famílias, durante quatrocentos anos, criando suas próprias leis e seus próprios códigos; devotando suas vidas ao crescimento dos Clãs e das escolas Ninja que ali habitavam, chegando a até mesmo a morrer pelo sucesso de suas missões.

Durante o período Kamakura (1.192-1.600), foi que se desenvolveu as principais escolas de Ninjutsu, nas regiões próximas de Kyoto, que era então sede de um governador militar do Japão.

Para poder manter o seu governo o Shogun foi obrigado a se apoiar numa forca militar extremamente sólida e leal a seu chefe. No interior de cada Clã, os Ninja se organizaram hierarquicamente de maneira paralela a do Shogun e se tornaram potencias temíveis. Esta organização era totalmente fechada, para evitar qualquer infiltração inimiga e para impedir o desmoronamento de toda a pirâmide no caso de uma eventual captura.

O chefe do Clã (Jonin) era praticamente desconhecido pela organização, pois somente o seu braço direito o Chunin, tinha acesso ao mesmo.

Cada Chunin possuía um certo número de Ninja (Genin) para realizar suas missões operacionais. Esses Ninja viviam dentro de uma disciplina rigorosa e eram treinados dentro da tradição guerreira de suas escolas e prontos a morrer sobre tortura se traísse a sua organização ou seu chefe.

No decorrer da idade média os Ninja foram tomando o poder, constituindo-se numa forca cada vez mais importante. Porem o Shogun Oda Nobunaga (Final de 1.600 período Kamakura) decidiu quebrar este poder, invadindo a província de Iga e Koga e fortalecido por seu exercito de samurais, aniquila os Ninjas depois de uma batalha desleal e sangrenta.

Tempos mais tarde os Ninja se reagrupam novamente e em memória de seus familiares que foram mortos na batalha contra os samurais preparam uma emboscada para Oda Nobunaga cuja qual tiveram excelente êxito. E em seu poder Tokugawa Ieyasu .(Periodo Edo de 1.603 a 1.867) sobe ao trono do governo.Os Ninjas dispersos retornaram à tona com a tomada de Tokugawa Leyasu um dos Shogun mais representativos e temidos do Japão.

Devido ao seu alto poder governamental, alguns Ninja começam a trabalhar a favor do Shogun Tokugawa Ieyasu no intuito de também poderem tomar o poder do governo e fortalecerem novamente o clã.

A operação oficial dos Ninjas no período Tokugawa foi durante a rebelião de Shimabara, porém não muito eficaz devido a os poucos Ninjas que sobreviveram durante a guerra contra Oda Nobunaga.

A morte planejada de Hattori Hanzo (Guerreiro Ninja bastante expressivo na história) não manteve a supremacia Shogun Tokugawa e o efeito da rebelião contra as autoridades levou ao desaparecimento dos Ninja a serviço do Shogun.

Em 1.868 (Período Meiji) deu-se fim ao feudalismo japonês (término do período Edo).

Em 1.912 o imperador Meiji morre, tendo como sucessor o príncipe Yoshihito, imperador Taishô.

Os samurais começaram a desaparecer e os Ninja voltaram para as sombras, ocultando suas tradições, costumes e segredos Ninja, revelando-os tão somente anos mais tarde do período Showa aos tempos atuais.

Em 1.918 o primeiro ministro Abra Takashi assume o cargo, porém três anos foram suficientes para que um atentado contra o mesmo colocasse fim ao seu governo.

Em 1.926 (Período Showa), remetemo-nos naturalmente ao imperador Hiroito (2ª Guerra Mundial) que teve um dos mais longos governos do Japão moderno (1.926 a 1.989).

Hoje, atualmente o Ninjutsu vem fincando suas raízes em inúmeros paises e conquistando com isso novos adeptos para a arte, porém ainda assim algumas escolas de Ninjutsu procuram manter as suas tradições respeitando o anonimato da arte.